ⓔコラム8-4-1 統計的手法

回帰式に類似して表現すると以下のようになる.

 疾患の有無 (結果変数)~1つのSNPのジェノタイプ+補正項1+補正項2+…(説明変数)

 SNPのジェノタイプは,多くは相加モデル (additive model) を仮定して,例えばAAは0,ATは1,TTは2のように数字に変換して入力する.補正項はおもに,性別や年齢,ジェノタイプから計算された主成分などである.特に主成分による補正は,隠れた集団の構造化を補正するために重要である1)

〔伊藤 薫〕

■文献

  1. Price AL, Zaitlen NA, et al: New approaches to population stratification in genome-wide association studies. Nat Rev Genet, 2010; 11: 459–463.