HTT遺伝子より翻訳されるハンチンチンは，3,144アミノ酸残基，分子量348 kDで，N末のTPR領域で，多種の蛋白質との結合が示唆されている．CAGリピートに対応する翻訳領域はN末にあり，ポリグルタミンリピートを形成している．約40アミノ酸残基長からなるHEATリピートが全長にわたって散在している．他の蛋白質との結合やハンチンチン分子内の領域どうしの結合に重要な構造をとることが想定されている．より高次ないし大きなモチーフとしてアルファ・ロッド領域が推定され，三次元構造モデルも提案されている．核移行シグナル (NLS)，核外移行シグナル (NES) 配列が同定されている．本図では省略したが，SUMO化，アセチル化，パルミトイル化，リン酸化などの翻訳後修飾を受ける．N末よりに，カスパーゼやカルパインなどのプロテアーゼ切断部位があり，N末側の蛋白質 (ペプチド) 断片がプロセスされる．詳細はMcFarland KN, Cha J–HJ: Hand Clin Neurol, 2011; 100: 25–81などのハンドブックないし総説参照．