Pythonを中心とするツール群の活用例を具体的なレシピ約50で紹介。目の前の研究に活かせる。環境構築から丁寧に解説。〔内容〕次世代シークエンス／ゲノム解析／集団遺伝学／系統学／タンパク質／データ公開・共有／ビッグデータ／他

Tiago Antao: Bioinformatics with Python Cookbook, Second Edition (Packt, 2018)

〇訳者序文より：
　実際のデータ解析においては，デファクトスタンダードとなる解析ツールを活用し，それらを組み合わせたパイプライン処理システムを構築することが重要です。特に最近はPython言語による解析ツールが数多く開発され，それらを組み合わせて利用することが標準的になってきました。しかし，実際のデータ解析に適用しようとすると，適切なツールの選択やツールの利用法，実装法が本や論文を読んだだけではなかなかわからず，インターネットを探し回ることも少なくありません。
　本書はそのような問題を解決してくれる貴重な本です。Pythonで書かれたツールを使うためのコードやコマンドが丁寧にかかれており，Pythonとバイオインフォマティクスに関する基礎知識があれば，本書を読むだけで様々な処理を試していくことができます。Pythonだけでは統計解析が十分に行えない場合がありますが，それを補うためにR言語とのインタフェースについても十分な記載がなされています。

〇本書で学べること
・次世代シーケンス（NGS）データ解析の進め方
・FASTQ, BAM, VCFフォーマットのデータの取扱い
・Galaxyへのアクセス
・Dask, Sparkなどを活用した大規模データ処理
・Cytoscapeによる可視化
・主成分分析，決定木分析など機械学習の活用

原著者について
Pythonの主要なバイオインフォマティクス・パッケージであるBiopythonの開発者のひとり