1.　腸内細胞学序説
　1.1　腸内細胞学の歩み
　1.2　自然界の微生物
　1.3　腸内細菌学と諸科学
2.　腸内細菌学概論
　2.1　細菌の分類と命名
　2.2　細菌の形態と構造
　2.3　細菌の栄養と増殖
　2.4　培養・同定・保存
　2.5　抗原と抗体
　2.6　遺伝と変異
　2.7　遺伝子操作
　2.8　細菌と宿主
　2.9　化学療法
3.　腸内菌叢の生態学
　3.1　腸内菌叢の構成
　　3.1.1　腸内菌叢の検索法
　　3.1.2　腸内細菌の分類・同定法
　3.2　腸内菌叢の生態
　　3.2.1　消化管生理のしくみ
　　3.2.2　腸内菌叢の形成，推移，分布
　　3.2.3　腸内菌叢の変動を起こす要因
　　3.2.4　細菌間の相互作用と腸内菌叢の自己制御
　　3.2.5　環境と腸内菌叢
　　3.2.6　動物の腸内菌叢
　　3.2.7　無菌動物
　　3.2.8　連続流動培養
　3.3　病態における腸内菌叢
　　3.3.1　胃腸炎
　　3.3.2　胆石症
　　3.3.3　癌
　　3.3.4　糖尿病
　　3.3.5　肝硬変
　　3.3.6　便　秘
　　3.3.7　ストレス
　　3.3.8　外科手術
　　3.3.9　ウイルス感染症
　　3.3.10　かび毒症
　　3.3.11　家畜の下痢
4.　腸内菌叢の機能
　4.1　腸内における細菌代謝
　　4.1.1　糖質の代謝
　　4.1.2　蛋白質の代謝
　　4.1.3　脂質の代謝
　　4.1.4　栄養素の合成
　　4.1.5　胆汁酸の代謝
　　4.1.6　薬物の代謝
　　4.1.7　変異原性物質の生成と分解
　4.2　生体防御因子としての腸内菌叢
　　4.2.1　腸管感染防御
　　4.2.2　薬物の活性化
　　4.2.3　栄養素の補給
　　4.2.4　消化管機能へ与える影響
　　4.2.5　免疫細胞の刺激
　4.3　病因としての腸内菌叢
　　4.3.1　疾病増悪因子としての腸内菌叢
　　4.3.2　軽口感染
　　4.3.3　化学療法剤誘発性腸炎
　　4.3.4　薬剤耐性および病原因子の伝達性
　　4.3.5　自発性感染症(日和見感染症)
　　4.3.6　発　癌
　　4.3.7　老　化
　　4.3.8　成人病
　　4.3.9　自己免疫疾患
　　4.3.10　腸内細菌とビタミンＫ
　　4.3.11　腸内ガス
　　4.3.12　肝性昏睡
　　4.3.13　成長阻害細菌
　　4.3.14　神経伝達と腸内細菌
5.　腸内細菌の応用―プロバイオティクス―
　5.1　腸内細菌の利用
　5.2　食品への応用
　5.3　畜産・獣医領域への応用
　5.4　乳酸菌への遺伝子組換えの応用
6.　付　録
　6.1　培地類
　6.2　試薬類
　6.3　プロバイオティクスの種類
7.　索　引