1.　分子生物学と情報科学
　1.1　分子生物学
　1.2　情報科学
　1.3　バイオインフォマティクスにおける諸課題
2.　モチーフ発見
　2.1　モチーフ発見問題
　2.2　モチーフ・モデルとモチーフ評価方法
　2.3　モチーフ発見プログラムの性能比較
3.　ギブス・サンプリング・アルゴリズムによるモチーフ発見
　3.1　マルコフ連鎖モンテカルロ法とモチーフ発見問題
　3.2　モチーフ発見のためのギブス・サンプリング・アルゴリズム
　3.3　マルコフ連鎖モンテカルロ法
4.　EMアルゴリズムによるモチーフ発見
　4.1　完全データからの最尤推定
　4.2　EM アルゴリズムの考え方
　4.3　EMアルゴリズム
　4.4　モチーフ発見のためのEMアルゴリズム
　4.5　モチーフ発見プログラムMEME
5.　系統的フットプリンティングに基づくモチーフ発見
　5.1　系統的フットプリンティングとは何か？
　5.2　最節約系統的フットプリンティング
　5.3　EMアルゴリズムによる系統的フットプリンティング
6.　タンパク質立体構造予測
　6.1　タンパク質立体構造予測問題
　6.2　立体構造の特徴
　6.3　主要な構造予測法
　6.4　配列アライメント
　6.5　タンパク質スレッディング法の概略
　6.6　プロファイルに基づくスレッディング
　6.7　相互作用を考慮したスレッディング
　6.8　最適スレッディングの計算困難性
　6.9　ヒューリスティック・アルゴリズム
　6.10　最適解計算アルゴリズム
　6.11　関連する問題
　6.12　最適解計算アルゴリズムの有用性
7.　RNA二次構造予測
　7.1　RNA二次構造
　7.2　Nussinovアルゴリズムと確率文脈自由文法
　7.3　擬似ノットつき二次構造予測のための厳密解法
　7.4　擬似ノットつき二次構造予測のためのヒューリスティック解法
　7.5　擬似ノットつき二次構造予測における課題
8.　カーネル法
　8.1　サポートベクターマシン
　8.2　カーネル
　8.3　配列に対するカーネル関数
　8.4　化合物に対するカーネル関数

参考文献
索引